Сценарии

• HISAT2 - featureCounts - limma
  Анализ RNA-seq данных при помощи HISAT2, featureCounts и limma

---

4. Количественная оценка выравненных прочтений на гены
• featureCounts
  
5. Идентификация дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ)
   • limma-voom
     
   • edgeR
     
   • DESeq2
     
6. Функциональная аннотация ДЭГ
   • GOSeq: GeneOntology и KEGG pathways
     Анализ обогащения по функциональной принадлежности (GeneOntology; KEGG pathways)
   • Enrichment analysis (GSEA)
     Анализ обогащения по функциональной принадлежности (GeneOntology)
   • Functional Classification
     
   • TreeMap on Functional classification
     Визуализация результатов Functional Classification