1. Подготовка данных и контроль качества

• Импортировать данные
  Вы можете загрузить ваши файлы FASTQ через браузер или по FTP
  
  
• Контроль качества данных секвенирования [?]
  Выполняет контроль качества ваших данных
  
  
• EA Utils trim and clip [?]
  Отмечает присутствие адаптерных последовательностей,
  вычисляет вероятное положение (начало и конец) адаптеров
  Удаляет адаптерные последовательности из файлов FASTQ
  
  
• FastX clip [?]
  Отрезает адаптеры с 3' конца последовательностей в FASTA/FASTQ файлах
  
  

Сценарии обработки данных

• Простой сценарий для сборки
  Прочтения подаются как FASTQ файлы
  Адаптеры подаются как FASTA
  
  
• Сценарий для сборки бактериального генома с генной аннотацией
  Прочтения подаются как FASTQ файлы
  Адаптеры подаются как FASTA
  
  

2. Сборка геномов

• De-novo assembly with SPAdes [?]
  SPAdes (St. Petersburg genome assembler) предназаначен для сборки бактериальных геномоов
  
  
• Filter SPAdes output [?]
  Отфильтровывает короткие или недостаточно покрытые контиги/скаффолды
  
  
• SPAdes stats [?]
  Отображает графики длина-покрытие контигов и скаффолдов
  
  
• QUAST [?]
  Quality Assessment Tool for Genome Assemblies - оценка качества сборки
  
  
• RAGOUT [?]
  Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility)
  инструмент для сборки скаффолдов хромосомного масштаба
  
  

3. Аннотация геномов